セガの人気ゲーム「ソニック」シリーズをハリウッドで実写映画化した「ソニック・ザ・ムービー」のシリーズ第2作。原作ゲームから人気キャラクターのナックルズやテイルズが初登場する。平穏な生活が戻ったグリーンヒルズで、ソニックは「本当のヒーローになりたい」と願いながら夜ごと勝手に街を守り続けている。そんなある時、ドクター・ロボトニックが銀河系で最も危険な戦士ナックルズを引き連れて舞い戻り、再び地球に暗雲が立ち込める。史上最強の破壊力を秘めた「マスターエメラルド」を探すドクター・ロボトニックたちは、なぜか執拗にソニックを狙ってくる。自慢のスピードで立ち向かうソニックだったが、ナックルズの圧倒的な力に歯が立たず、間一髪のところで味方のテイルスに助けられる。ソニックは、悪の手に落ちる前にマスターエメラルドを探そうと旅に出ることを決意する。ソニックの声は前作から続きベン・シュワルツが担当し、宿敵ドクター・ロボトニック役もジム・キャリーが続投。