1983年公開の『宇宙戦艦ヤマト 完結篇』から26年、移動性ブラックホールの脅威と人類の移住計画を阻止する謎の星間国家連合という二重の危機に立ち向かうヤマトの姿を描く復活編。監督は西崎義展。
西暦2220年、太陽の300倍の質量を持ち、光をも飲み込む暗黒の天体、移動性ブラックホールが宇宙から地球へと迫っていた。地球連邦政府は、移民船団を組織。サイラム恒星系アマールへの移民を決行するが、謎の大艦隊の攻撃に遭い、船団が壊滅。古代進は移民船団の護衛艦隊司令としてヤマトに乗り込み、大艦隊に戦いを挑む。