東京が怪獣に包囲される中、野球のスター選手である佐藤健は、しぶしぶウルトラマンのコスチュームを着るために帰郷する。しかし、彼の使命は、火を吐くことができる高さ10メートルの怪獣の赤ちゃんを養子に迎えなければならなくなったことから、予想外の展開を見せる。巨大怪獣との戦いと怪獣の赤ん坊の育児の狭間で、佐藤はスーパーヒーローとしての仕事と親としての新たな責任を両立させなければならない。この映画で彼は、怪獣を利用しようとする勢力からこの幼い怪獣を守ることが、おそらく彼の人生最大の挑戦であることを知る。