人気アニメ「名探偵コナン」のテレビシリーズ特別総集編。劇場版第26作「名探偵コナン 黒鉄の魚影(サブマリン)」(2023年4月14日公開)でキーパーソンとなる灰原哀に関するエピソードを抜粋し、彼女の過去に迫る。
科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保(コードネーム「シェリー」)は、工藤新一を幼児化させた薬「APTX(アポトキシン)4869」を開発した。しかし、黒ずくめの組織が、姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗って身を隠していたが、組織の影は少しずつだが着実に、彼女の身に迫っていた。
ファンのあいだで人気の高い「漆黒の特急(ミステリートレイン)」をメインエピソードに、灰原哀と黒ずくめの組織との関係や、同じ運命を背負ったコナンとの出会い、徐々にコナンたちと距離を縮めていく様子、姉である宮野明美との思い出などが描かれたテレビシリーズのエピソードをピックアップした。