前作から20年後の世界が舞台。ウィローたちの活躍により、闇の勢力は王国から追放されたはずであったが、邪悪な気配を纏う新たな脅威が動き出す。再び王国に危機が迫る時、ウィローと若き冒険者たちの神秘に満ち溢れた新たな旅が始まる…。果たして彼らは、邪悪な魔法使いやトロールたちが住む危険な世界に平和をもたらすことができるのか?