川原礫原作の電撃小説大賞に輝きテレビアニメ化された『アクセル・ワールド』の劇場版。新作ストーリーを、小原正和監督はじめTVシリーズのスタッフが再結集して映画化したSFアクション。冴えない男子中学生が、ウェブ上の仮想世界で繰り広げられる対戦ゲームで活躍し、やがて思いも寄らぬ巨大な陰謀に巻き込まれていく。
2047年、東京。ニューロリンカーと呼ばれる携帯端末が普及し、仮想ネットワーク世界が生活のあらゆるシーンで欠かせない存在となっている世界。私立梅郷中学に通うハルユキは、時間が現実の1000倍に圧縮された“加速世界(アクセル・ワールド)”でオンライン型対戦格闘ゲーム“ブレイン・バースト”のプレイヤー“バーストリンカー”として活躍していた。そこでは高円寺を拠点とする“ネガ・ネビュラ”に所属し、リーダーの黒雪姫と共に渋谷エリアの領土戦を戦っていた。そんな中、謎の黒い竜巻が現われ、回線が強制切断される不可思議な現象が発生する。加速世界が徐々に漆黒の竜巻に浸食されていく中、仲間たちと共に原因の特定と事態の解決に奔走するハルユキだったが