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ボコは戦車が立ち並ぶ海岸で1人、ジョーに小型通信装置で今度は自分たちで「あいつ」を守ろうと語りかけます。
数日前、福生基地の近隣に住む小学6年生のジョーとボコとジュンイチは3人でお金を集め、ボコが引越しても仲間でいるためにアンテナ式の無線を購入しようと計画していました。
ある日、秘密基地の近くで木に引っかかった亀を見つけた3人は亀を救出。見たこともない種類の亀でしたが、3人は亀を自由にしました。
その頃、フィリピンでは3つの集落が未確認の飛行生物に襲われ、350人以上が行方不明となる事件が発生しており、ニュースは未確認の飛行生物の正体についての考察で盛り上がっていました。
無線機を買うだけの資金を集めたボコたちは無線機を買うため店へと向かいますが、福生基地の米兵の息子であるブロディたちに恐喝され、集めた金の全額を奪われてしまいます。
ブロディたちからお金を奪い返すことを決意したボコたちは、ブロディたちが根倉にしているゲームセンターに押し入ります。しかしブロディたちと対峙した途端、街に異常な振動が走り、戦闘機が街中で飛行生物「ギャオス」と戦闘を開始します。
ギャオスは人を喰らうだけでなく高い戦闘力を有し、戦闘機を撃墜。横須賀では巨大なギャオスによって艦隊が殲滅された中、屋上で戦闘を眺めていたボコたちはギャオスに襲撃されます。
ゲームセンターに逃げ込むも絶体絶命に陥る3人でしたが、その場に現れた巨大な亀型怪獣の放つ衝撃波によって急死に一生を得ました。
亀型の怪獣はギャオスと交戦に入り、次々とギャオスを殺害。一方、ボコたちはギャオスに襲われていたブロディを、彼から金を取り戻すために用意していた武器で救出します。
基地で指揮をとるレイモンドはギャオスを全滅させた亀型の怪獣を米軍の全戦力を投入し攻撃すると、亀型の怪獣は回転しながら空を飛行し、その場を去っていきました。
ボコは亀型の怪獣に対し「ガメラ」と呟くと、その場にエミコとタザキが現れます。2人は基地内に居を構えるユースタス財団のエージェントと研究員であり、ボコたちを保護すると基地へと連れて行きます。
ブロディはレイモンドの息子であり、ブロディを含む4人はエミコとタザキから、地下から見つかった人間を喰う「怪獣」についての説明を受けます。
人間の子どもを主食とする「怪獣」の遭遇から研究と保護対象となった4人は、「コミュニケーター」と呼ばれる小型通信装置を渡されて家に返されます。またブロディは財団や米軍に良い顔を見せるため、ボコたちに自警団を結成し街を守る活動を提案します。
その頃、基地では大量の「ジャイガー」の卵が孵化し、研究員を殺害すると下水道へと潜っていました。レイモンドの会話を盗み聞きしていたブロディは、ボコたちを呼び寄せると自警団の活動をするべく下水道へと入っていきます。
街では毒ガスが発生したとして住民の避難が始まりますが、自衛隊には待機の要請しかかからず、佐々木大隊長はただ動向を見守ることしか出来ませんでした。
米軍はジャイガーの位置を掴みかねていましたが、突如駿河湾上空に現れたガメラは米軍の攻撃を振り切り、福生基地周辺に迫っていました。
ブロディたちは下水道の先で、「何か」が掘った巨大な地下空間を発見。その地下空間で巨大なジャイガーを遭遇するも、命からがら地上に逃げ延びた4人は、彼らを探していたエミコとタザキに保護されます。