皇暦2010年8月10日 、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。
日本侵攻から7年後、日本に住むブリタニア人の少年・ルルーシュ・ランペルージは、謎の少女C.C.(シーツー)から、他人に自分の命令を強制出来る絶対遵守の力「ギアス」を授けられる。ルルーシュは暗殺された母親の仇をとり、妹のナナリーが安心して暮らせる場所を作るため、仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、レジスタンス組織「黒の騎士団」を結成、ブリタニア帝国に対して戦いを挑む。