8年前、シタデルは崩壊した。全人類の安全と安心を守ることを使命とする独立したグローバルスパイ機関だったが、世界を陰から操る強大なシンジケート、マンティコアの工作員によって破壊されたのだ。この戦いでシタデルのエリート捜査官メイソン・ケイン(リチャード・マッデン)とナディア・シン(プリヤンカー・チョープラー・ジョナス)は辛くも命は取り留めたが記憶を無くしてしまう。それ以来、彼らは自分の過去を知らずに新しい人生を歩んでいる。しかしある夜、メイソンはシタデルの元同僚バーナード・オリック(スタンリー・トゥッチ)に追われる。バーナードはマンティコアが新たな世界秩序を築くのを阻止するためにメイソンの力を借りようとしたのだ。やがてメイソンはかつてのパートナー、ナディアを探し出し、彼らはマンティコアの陰謀を阻止するために世界中を駆け巡る。秘密と嘘、そして危険な愛に悩まされながらー。