「ヱヴァンゲリヲン」シリーズの庵野秀明が脚本と総監督、「のぼうの城」「進撃の巨人」の樋口真嗣が監督と特技監督を務め、世界的怪獣キャラクター“ゴジラ”を日本版としては12年ぶりに復活させた特撮アクション大作。全てが想定外の中でギリギリの決断を迫られる政府関係機関の緊急対応の行方と、ゴジラに立ち向かう人類の運命を描く。主演は「地獄でなぜ悪い」「進撃の巨人」の長谷川博己。
東京湾・羽田沖。突如、東京湾アクアトンネルが崩落する重大事故が発生する。すぐさま総理以下、各閣僚が出席する緊急会議が開かれ、地震や火山などの原因が議論される中、内閣官房副長官・矢口蘭堂は未知の巨大生物の可能性を指摘し、上官にたしなめられてしまう。しかしその直後、実際に巨大不明生物が海上に姿を現わし、政府関係者を愕然とさせる。のちに“ゴジラ”と名付けられるその巨大不明生物は陸に上がると、逃げまどう人々などお構いなしに街を蹂躙していく