23世紀、地球の衛星軌道上で新型スター・シップ、USSエンタープライズBの進宙式が行われていた。式には、昔、エンタープライズ号の艦長として勇名を馳せたジェームズ・T・カーク提督(ウィリアム・シャトナー)と、かつての仲間スコッティ(ジェームズ・ドゥーハン)、チェコフ(ウォルター・ケーニッグ)も同席していた。処女航海に出発した同艦ヘエルオーリン星の船から救難信号が入る。エンタープライズBは救出に向かうが、逆にエネルギーリボンに接触し、第2船体が消滅してしまう。そこにいたカークの死をだれもが確信した…。78年後の24世紀。宇宙を航行するエンタープライズDに、観測基地から救難信号が入る。艦長のピカードは転送による救出を図るが、現場で救出されたのはエルオーリア星の男ソラン(マルコム・マクドウェル)ただ一人で、彼は何と78年前の事故の生存者であった。その後、クリンゴン帝国の宇宙船が出現し、墓地内からソランとジョーディ(レヴァー・バートン)が連れ去られる。実はソランは帝国を追放されたルーサとベトール姉妹と手を組んで合成物質トリリシウムを使った兵器を開発しようとしていたのだ。さらに、ソランはネクサスという、どんな夢もかない、永遠に幸福でいられる土地へ行こうとしていた。そこへの扉が例のエネルギーリボンで、ソランは恒星を消滅させ、その扉を引き寄せようとしていた。ピカード艦長は、その恒星系の2億人の人命を救うため、エンタープライズDを発進させ、みごと使命を果たすのだった。