デスノートを使い、世の中に溢れる犯罪者たちに次々と「正義の裁き」を下していく月は、いつしか「キラ」(=killer)と呼ばれるようになり、世間から救世主扱いされ始める。一方、捜査に乗り出したL(エル)は、「お前のしていることは悪だ」と月に挑戦状を突きつける。
キラが学生で、かつ、捜査本部の情報を得る手段を持っている事に気付いたLは、月がキラだという可能性を考えFBIを動員するも失敗に終わり、次の手段…月と同じ大学に入り、流河と名乗り自ら月に接近する方法を取った。そして月に「キラ事件解決の力になってくれ」と頼む流河。表面上は仲良しのキャンパスメイト「月」と「流河」だが、裏では「Lなのか?」「キラなのか?」の探り合い。二人の本当の戦いがここから始まった…
キラ断定の決定打に欠ける月の行動に戸惑いながらも、あの手この手で罠を張り、月に探りを入れるL。しかしそこへ「第二のキラ、第三のキラ」が現れ、さらに捜査は混迷を増し、被害者は増すばかり。
果たしてキラは、世界を救う救世主なのか、それとも独裁的な殺人者なのか?Lはキラの正体を見抜くことができるのか?それとも餌食にされるのか?