NASAは地球外生命体に向けて、1982年当時流行していたゲームの映像などを収録したメッセージを友好目的として宇宙へ打ち上げた。
そして2015年。グアムのアンダーセン空軍基地が突如謎の攻撃を受け、あらゆる物質が立方体状のブロック(ピクセル)に変わりバラバラに分解、壊滅した。攻撃したのが『ギャラガ』のキャラクターのような存在だと気づいたアメリカ大統領ウィルは幼馴染みのサムを呼び出し相談を持ち掛けるが、ポーター大将ら軍幹部はゲームオタクに過ぎない彼の話を聞き入れず追い返してしまう。帰り道で親友のラドローと数年ぶりに再会したサムは、彼から今回の攻撃は昔NASAが打ち上げたメッセージを見て“宣戦布告”と誤解した「ヴォルーラ星人」と名乗る異星人の仕業だと教えられる。彼等は映像を基にゲームのキャラを実体化させ攻撃させたのだ。2人はウィルの元に赴き“ヴォルーラ星人からの3本勝負”を知らせたが、支持率を下げたくないウィルは軍隊の派遣をためらう。
そうしているうちにインドのタージ・マハルが『アルカノイド』のキャラクターによって崩滅してしまい、もう後が無いと悟ったウィルはサムとラドローに地球の命運を託すことを決断した。ヴァイオレット中佐ら開発チームが対ゲームキャラクター用武装を作り、2人はポーター率いるアメリカ軍の精鋭部隊にゲームスキルを教え込む。そしてロンドンで『センティピード』の敵が襲来し3回戦が始まったが、生え抜きのアメリカ兵達も特訓の甲斐無く苦戦を強いられゲームに無関心なポーターら指揮官も全く役に立たなかったが、ゲームに精通した2人の活躍によって勝利する。