『PLUTO』の舞台は、人間とロボットがともに生活する未来の世界。ヨーロッパ警察のロボット刑事ゲジヒトは、世界各国を代表する「7大ロボット」を狙う連続破壊事件の捜査を担当していた。事件解明に奔走する中、人間とロボットの関係やアイデンティティと倫理について深く考えさせられる出来事に遭遇する。
未知の敵との対決を通じて、ゲジヒトは人間らしさとは何か、そしてロボットと人間の共存の可能性について考えさせられる。
人間とロボットが<共生>する時代。
強大なロボットが次々に破壊される事件が起きる。調査を担当したユーロポールの刑事ロボット・ゲジヒトは犯人の標的が大量破壊兵器となりうる、自分を含めた<7人の世界最高水準のロボット>だと確信する。
時を同じくしてロボット法に関わる要人が次々と犠牲となる殺人事件が発生。<ロボットは人間を傷つけることはできない>にも関わらず、殺人現場には人間の痕跡が全く残っていなかった。2つの事件の謎を追うゲジヒトは、標的の1人であり、世界最高の人工知能を持つロボット・アトムのもとを訪れる。
「君を見ていると、人間かロボットか識別システムが誤作動を起こしそうになる。」
まるで本物の人間のように感情を表現するアトムと出会い、ゲジヒトにも変化が起きていく。
そして事件を追う2人は世界を破滅へと導く史上最悪の<憎しみの存在>にたどり着くのだった―――。