研究者の父と暮らすために、彼の研究拠点である森の奥の家へとやって来た少女メアリー。しかし父は、この森にいるという小さな人の研究に夢中だった。かまってもらえないメアリーは、愛犬オジーを追って、ひとり森の中に踏み入る。やがて、彼女は行き倒れていた小さな女性と遭遇し、彼女から小さな花のつぼみを託され、森の賢人ニム・ガルーに届けてほしいと頼まれる。その花を手にした途端、メアリーは自分も小さくなってしまう。