地球の秩序を守るためエイリアンの行動を監視する政府の極秘機関“MIB”の敏腕エージェント“J”と“K”の活躍をウィル・スミスとトミー・リー・ジョーンズ主演で描く人気SFアクション・コメディのシリーズ第3弾。Jが相棒と地球の危機を救うべく過去にタイムスリップし、監督は前2作に引き続きバリー・ソネンフェルド。秘密組織MIB所属のエージェントJ(ウィル・スミス)とK(トミー・リー・ジョーンズ)は、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞き