ある夜、警察庁内に何者かが忍び込み、機密データを閲覧していた。これを察知していた安室透や風見裕也をはじめとする公安警察は忍びこんでいた女と対峙し、対決するも警察庁内から逃げられてしまう。
車で逃走する女を追う安室、そしてFBIの赤井秀一を加えた三者によるカーチェイスが繰り広げられる。女は逃げながらも「ノック[注 3]はスタウト、リースリング、アクアビット。
あなたが気にしていたキール、バーボン」とのメールを誰かに送信していた。赤井は女の進路を先読みして車のタイヤを撃ち抜き、橋から落下させて爆発に至るが、捕縛するには至らなかった。
一方、カーチェイスから命からがら逃げのびた女は、東都水族館の多色ライトを目撃すると同時に気を失ってしまう。
翌朝、謎の爆発事件がニュースで報道される中、コナンと少年探偵団一行はリニューアルオープンの日を向かえた東都水族館を訪れていた。
コナンたちはそこで記憶を失ったオッドアイの女に遭遇する。コナンはガソリンの臭いや割れた車のフロントガラスの破片などから昨夜の爆発事件との関連を疑い、警察に連絡を取ろうとするも記憶を失った女に拒否されてしまう。
そこで彼女を知る人物を探すため東都水族館で情報収集を開始する少年探偵団であったが、歩美、光彦、元太の3人は捜査もそっちのけでダーツなどして謎の女と遊び、一方でコナンは蘭や警察に記憶喪失の女のことを伝える。
時を同じくして、黒の組織の一員であるベルモットは誰かを探していた。彼女が探していたのは少年探偵団と行動を共にしていた謎の女だった