青山剛昌原作、小学生になってしまった探偵が難事件を解明していく人気アニメシリーズの劇場版第7弾。少年・江戸川コナン=実は高校生探偵・工藤新一が、今作では情緒溢れる古都・京都を舞台に、怪事件の謎を解き明かす。監督はこれまで同様こだま兼嗣が担当。
ある日、東京郊外のとある神社で密談を交わしていた3人の男たちが殺された。犯人は翁の能面をつけ、日本刀と弓矢で一瞬のうちに3人の命を奪った。時を同じくして大阪、京都でも殺人事件が発生。やがて殺された5人は、有名な仏像や美術品の窃盗を繰り返してきた盗賊団のメンバーであることが判明する。彼らはお互いを義経や弁慶、あるいはその家来たちの名前で呼び合っていた。その頃コナンたちは、8年前に山王寺から盗まれた国宝級の仏像の捜索を依頼され、京都を訪れていた。コナンは仏像を盗んだ犯人を窃盗団と疑い、早速捜査を開始するのだったが