「ガンダム」シリーズの富野由悠季が手がけた同名小説を、全3部作の劇場版として映像化する第1作のアニメーション。第二次ネオ・ジオン戦争(「機動戦士ガンダム 逆襲のシャア」)から12年後の宇宙世紀0105年を舞台に、アムロとシャアの意志を受け継いだ青年ハサウェイ・ノアの新たな闘いを描く。監督は「虐殺器官」の村瀬修功。宇宙世紀0105年。第二次ネオ・ジオン戦争(シャアの反乱)から12年が経過した地球では、腐敗した地球連邦政府によって汚染が加速し、不条理な“人狩り”政策により民間人が宇宙へと強制連行させられていた。そんな連邦政府に対し、反地球連邦政府組織“マフティー”は連邦政府高官の暗殺を実行。リーダーのマフティー・ナビーユ・エリンのもと過激な行動を開始するが、彼の正体は、連邦軍大佐ブライト・ノアの息子、ハサウェイ・ノアだった。ハサウェイは、アムロ・レイとシャア・アズナブルの意志を受け継いだ戦士として人類の希望になろうとするが、連邦軍大佐ケネス・スレッグや謎の美少女ギギ・アンダルシアとの出会いにより、彼の運命は大きく変わっていく