一年戦争終結から7年以上が過ぎたU.C.0087、旧ジオン公国軍残党の掃討を名目に設立された地球連邦軍特務部隊「ティターンズ」が勢力を拡大し、スペースノイドへの弾圧を強めていた。地球連邦政府がティターンズの活動を黙認する中、事態を憂慮した人々が結成した反地球連邦政府組織「エゥーゴ」は、新型艦アーガマを中心とする部隊をティターンズの宇宙基地サイド7「グリーン・オアシス」に投入、クワトロ・バジーナ(シャア・アズナブル)率いるMS部隊がティターンズの新型MSの奪取に動いたことで戦闘が発生してしまう。この際、ティターンズの士官とイザコザを起こして拘束されていた民間の少年カミーユ・ビダンは、エゥーゴに協力してガンダムMk-IIを強奪。結果、エゥーゴとティターンズの軍事衝突は不可避となり、新たな宇宙戦争の火蓋が切られた。