第四次蒼穹作戦から――竜宮島がアルタイルと共に消えてから2年。
竜宮島の面々は海神島から攫われた幼い皆城総士を救出するため独立人類軍と共に第五次蒼穹作戦を展開する。
しかし敵フェストゥムの群れを突破しきれず、衛星軌道に残されていたベイグラントのゴルディアス結晶はプロメテウスのコアに回収されてしまう。
こうして蒼穹作戦は失敗に終わった。
それから3年後。
竜宮島の少年・皆城総士は両親や妹、そして親友のマリスと共に暮らしていた。
穏やかで平和な暮らしを謳歌しつつ島の外への好奇心を抱いていた総士だったが、ある日謎の人物から外の世界に関する通信を受ける。
そして総士はお盆祭りの夜、人知れずその声の主・真壁一騎と対面する。
だが、その出会いは彼の楽園の終わりを意味していた。
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