9年前、刑事部捜査一課の鷹野秀昭は、相棒で後輩の沢木政弘を鍛えるため、挙動不審な男に一人で職務質問させる。しかし鷹野が目を離している間に、沢木は刺されて殉職する。事件は迷宮入りとなり、鷹野は沢木の姉・美香から責められる。事件発生当時、現場近くに公安部がいたという情報を得た鷹野は、公安部への異動を希望し、この春ついに配属が決定する。
鷹野が公安部へ来て5日目。赤坂で爆破テロが発生し、混乱に乗じて政治家の真藤健吾が殺される。遺体の臓器は取り出され、遺体のそばには右の皿に鳥の羽、左の皿に心臓が乗せられた天秤、そしてヒエログリフが彫られたプラスチックの板が置かれていた。捜査を開始した鷹野だったが、刑事部と公安部の捜査方法の違いに馴染めず失態を犯し、班長の佐久間一弘から「おまえには失望した」と言われてしまう。
個々のメンバーの能力は高いのにチームプレイは不得手な公安部に、鷹野は自分なら違うやり方で事件を解決できるのではと模索する。しかし赤坂事件の実行犯が捕まらないうちに、中野で大学教授の笠原繁信が殺されて近くに天秤が置かれる第2の事件が発生する。事件の裏には「鑑定士」と呼ばれる殺し屋の存在が見え隠れしていた。