アメストリス国の国家錬金術師、エドワード(以下エド)と弟のアルフォンス(以下アル)のエルリック兄弟は「賢者の石」を求めて旅を続けていた。東部の町リオールで現地の教主コーネロが賢者の石を所持していると聞きつけたエドは、コーネロに石を渡すよう迫ったため彼と騒動を起こしてしまい、たまたま現地を訪れていた国家錬金術師マスタング大佐に身柄を拘束されてしまう。
エルリック兄弟は幼いころ、急死した最愛の母を蘇らせるため禁忌の「人体錬成」を行うも失敗、代償としてエドは左脚と右腕を、アルは肉体を失い魂のみが全身鎧に定着した姿となっていた。エドはアルの肉体を取り戻すため究極の錬金術アイテムである賢者の石を探し求めていたが、コーネロの石も偽物であることが判明し落胆する。