石ノ森章太郎が遺した未完の傑作『サイボーグ009』を「東のエデン」の神山健治監督が自ら脚本も手がけて映画化したSF・アクション・アニメーション。
かつて世界の数々の危機を救ってきた9人のサイボーグ戦士は、時代の移ろいとともにその役割を終え、それぞれの国に戻っていた。リーダーの009こと島村ジョーは、過去の記憶を失い高校生として東京で静かに暮らしていたが、西暦2013年、世界各国で同時多発テロが発生。この事態を受けて、生みの親であるギルモア博士が再びサイボーグ戦士を集結させる。