ヒロイン・エウレカの魂の軌跡を描く劇場版アニメ3部作のうち、第2作から10年後の地球を舞台とする最終章。かつて地球に混乱をもたらす元凶となったエウレカが過去の自分と同じ能力を持つ少女と出会い、世界と彼女を守るために奮闘する。監督は第1作で総監督、第2作で監督を務めた京田知己で、アニメーション制作をボンズが担当。
エウレカが作った“スカブコーラル”の中の仮想世界が崩壊して10年後の地球。崩壊時に姿を現した仮想世界の人類と、旧来の地球人類の間では衝突が続いていた。混乱の元凶となったエウレカは国連の独立師団無任所部隊A.C.I.D.(アシッド)の上級戦闘員となり、世界の平和のために戦っていた。ある日、エウレカはかつての自分と同じように、スカブコーラルを操る能力を持つ少女アイリスに出会う