東都大学付属病院の脳外科医・南方仁は、ある夜急患で運ばれた男性の脳から奇形腫を摘出する。その後、仁は頭痛と空耳に悩まされる。集中治療室から脱走した患者を止めようとしたが、階段からバランスを崩し、そのまま気絶してしまう。意識を取り戻した仁が、ふと辺りを見渡すと、侍達が斬り合いをしていた。実は、仁は文久2年(1862年)、幕末の江戸時代にタイムスリップをしていたのだった。 そこで仁は、過去の人間の運命や歴史を変えていることを自覚しつつも、人々を救う為、現代から持ち込んだ知識と幕末の人々の協力により、近代医療を実現していく。
シーズン1