東京湾で人間を捕食する謎の怪物をめぐる巨大な陰謀とそれに立ち向かう二人の刑事の活躍を描いたSFアクション・アニメーション『機動警察パトレイバー』の3作目の劇場公開版。総監督は、高山文彦。
東京湾沿岸ではレイバーを狙う謎の破壊活動が続いていた。事件を追う城南署の刑事、久住と秦はその捜査に難航していた。そんな中、秦は生物医学研究所の研究員・岬冴子と偶然に出会い、彼女の不思議な魅力に惹かれていった。ある日、捜査中の久住と秦は湾岸に浮かぶ備蓄基地で次々と人間を食い殺す“怪物”に遭遇する。二人はこの“怪物”が、彼らの追うレイバー連続襲撃事件の犯人と疑いを強める。しかし、残された“怪物”の肉片からは驚くべき事実が判明する。さらに、二人の捜査の周辺で怪しく動く冴子の影が浮かび上がってくる