完全生命体デストロイアとゴジラの壮絶な闘いを圧倒的なスケールで描いた、平成ゴジラシリーズ完結編。監督は「ヤマトタケル」の大河原孝夫。主演は「大失恋。」の辰巳琢郎と、「夜逃げ屋本舗」の石野陽子。
香港に出現したゴジラは、体内で発生した核分裂により赤く発光していた。このまま核分裂が暴走し続けると、ゴジラ自身が熱融解し、チャイナシンドロームを引き起こすことが判明する。G対策センターは、ゴジラを冷却して活動を一時停止させ、中性子制御剤のカドミウム弾を打ち込む。それによって核分裂の暴走は収まったが、ゴジラの進撃は抑えられなかった。そのころ酸素の研究の果てにミクロオキシジェンを発見した伊集院健作は、さらにそれを発展させたオキシジェンデストロイヤーの研究に取りかかっていた。彼はかつてその最終兵器が発動された東京湾の海底から泥を採取、研究所に持ち帰ってオキシジェンデストロイヤーの痕跡を求める。だがその泥の中では、地球太古の異生物・デストロイアの幼生が永い眠りから覚めようとしていた