西暦2034年、草薙を失ってから2年が経った公安9課では、トグサが新隊長に就任する。しかし彼らに、次々と難事件が襲いかかる。やがて、その一連の事件を背後で操る存在が「傀儡廻 (くぐつまわし)」と呼ばれるハッカーであることが判明。そんな中、バトーは捜査中に草薙との再会を果たす。