水とコーヒーと人体だけを取り込むという人間の姿をした怪人・喰種が東京の街に紛れ、人々は恐れを抱いていた。
そんな中、平凡な大学生のカネキ(窪田正孝)は事故に遭ってしまう。
知人の少女リゼの臓器を移植して死を免れるが、それが原因で半喰種となったカネキは、頻繁に足を運んでいた喫茶店あんていくで働くことになる。
そしてカネキは、アルバイトの女子高生トーカ(清水富美加)や、店に集まる客が喰種だと知る。